ご利用ありがとうございます。
開発メンバーの梅田です。

ERDiagramEditorのインスタンスは、
ProjectAccessorFactory.getProjectAccessor().getDiagramEditorFactory().getERDiagramEditor();
↑のように取得します。

今回の件では、astah* API利用ガイドの
[9. 図要素の作成/削除] → [1. 各図要素の作成] → [ER図の図要素の作成例]
が参考になると思いますのでご覧ください。

また、javadocのERDiagramEditorインタフェースのページにも、createNodePresentationメソッドは記載されていますので、安心してご利用ください。

以上、よろしくお願いします。