astah* plug-in SDKの開発を行っているこんぴろです。こんにちは。
ご報告ありがとうございます。

それぞれのプロパティファイルについて記述する内容を、整理しますと、
bundle.propertiesは、プラグインのメタ情報(名前や、説明等)
plugin.propertiesは、プラグインの、メニューやビューなどに設定する文字列を外部化
という役割分担を想定しています。

おっしゃっているとおり、plugin.propertiesからbundle.descriptionが設定できてしまうのはおかしいですね。ただ、手元で同様に確認してみたところ、私の手元では再現することができませんでした。

お手数をおかけしますが、一度、
astah-build
astah-launch
と、astah-buildを行っていただき、現象を確認いただけませんか？もしかすると、astah-buildを行っていないため、古い情報が残っていたかもしれません。

もし、それでも上記の問題が発生した場合は、お手数をおかけしてしまいますが、よろしければ問題が発生したプロパティファイルの例をいただけないでしょうか？