不都合ご迷惑をおかけします。
今のところ、次のような対処で回避できないでしょうか？
projectChangedの中で、
SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
public void run() {
//トランザクション開始
//色の変更
//トランザクション終了
}
});

この場合、Undo単位が別れてしまいますが、このようにお願いします。