satoshiさん、こんにちは。
回答遅くなってすいませんでした。

実は、JUDEが用意している、パッケージ・モデル・サブシステムは、UML1.xの仕様からきているものです。（UML2.xでは、若干このあたりの扱いが変わってきているようです）

仕様書では、モデルについて、分析モデルや設計モデルといった利用例が書かれています。ただ、どう使われるべきという点に関して、それほど情報はないように思います。

JUDEとして、この部分に関しては、しっかりした利用ケースを前提としておらず、皆さんの使い方にゆだねています。

他の皆さんは、どのような使い方をされているでしょうか？