ゲストの「satoshi」さんからの投稿です。
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ツリーがずれてしまいました。下記に訂正します。

├─プロジェクト
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　　└─【サブシステム】（← サブシステムの数だけ存在する）
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　　│　　　└─UseCase図
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　　│　　　└─【モデル】
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　　│　　　　　　└─ユースケース
　　│　　　　　　│　　├─Activity図
　　│　　　　　　│　　├─Sequence図（← 分析レベル）
　　│　　　　　　│　　└─Sequence図（← 設計レベル）
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　　│　　　　　　└─アクター
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　　└─【モデル】（← ｻﾌﾞｼｽﾃﾑをまたいで共有されるモデル）
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　　│　　　└─ユースケース
　　│　　　│　　├─Activity図
　　│　　　│　　├─Sequence図（← 分析レベル）
　　│　　　│　　└─Sequence図（← 設計レベル）
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　　│　　　└─アクター
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　　│　　　└─クラス（← 分析レベル）
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　　└─【パッケージ】
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　　　　　　└─【パッケージ】
　　　　　　│　　├─クラス（← 設計レベル）
　　　　　　│　　└─クラス（← 設計レベル）
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　　　　　　└─クラス（← 設計レベル）