ゲストの「kazm」さんからの投稿です。
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> 図上で、Hogeと入力した場合や、プロパティビューでHogeと入力した場合、どの名前空間の型か選択するダイアログがでると思いますが、どうでしょうか？

やってみました。本当だ でましたね。
実は少し前までは jude-community の 1.5.2 を使っていたのですが、その時はこんな選択枝はでなかったように思ったのですが... 私の思い違いかもしれません。

とりあえず、この選択肢の方法でも名前空間毎のクラスを区別できるのであれば全然問題ありません。お騒がせしました。