astah*開発チームの松田と申します。
ご質問ありがとうございます。

恐れ入りますが別名を用いたスケルトンコードの出力は標準機能にございません。

代替案として、要素名と別名を入れ替えたプロジェクトを作成し、
そちらからスケルトンコードを生成する方法をご提案させていただきます。
下記スクリプトをスクリプトエディタにて実行し、その後スケルトンコードの生成を行ってください。

◆ モデル名と別名1を入れ替えるサンプルスクリプト（swapNameForAlias1.js）
　◇ 例
　　クラス"apple"の別名1が"リンゴ"なら、クラスの名前を"リンゴ"、別名1を"apple"に入れ替えます
　◇ 使用方法
　　1. プロジェクトファイルのバックアップを取る（*.astaファイルを複製）
　　2. astah*でプロジェクトファイルを開く
　　3. スクリプトエディタでswapNameForAlias1.jsを実行する
　◇ 注意
　　- コンソールに"!!!error!!!"がある場合は保存せずにプロジェクトを開きなおし、原因を取り除いて再実行してください
　　- 一部置き換えられない要素があります