こんにちは、akikoさん。
JUDEのご利用ありがとうございます！
いただいた質問に答えますね。

> JUDEを起動させる際、構造ツリーの中に必ずできるJavaのﾊﾟｯｹｰｼﾞやutilのﾊﾟｯｹｰｼﾞがありますが、この中にあるネストｸﾗｽをどのように追加したらいいのでしょうか？？

起動時のパッケージに限らず
クラスにネストクラスを追加する、ということでしたら、
構造ツリー上のクラスを
右クリック - [モデルの追加] - [ネストクラスの追加]
で作成できます。

起動時に作成されるモデルに
あらかじめネストクラスを追加しておきたい、
ということでしたら、
JudeDefaultModelを編集してネストクラスを追加してください。
参考：製品サイトのFAQ　JudeDefaultModelとは何ですか？

また不明な点などありましたらお気軽にお寄せくださいね