APIを用いて、メッセージの書体や太さ(BOLD等)を変更したいと思っています。
このとき、メッセージの設定に変更を加えるのは IPresentation クラスのsetProperty メソッドで行うことがわかりました。
http://members.change-vision.com/javadoc/astah-api/7_2_0/api/ja/doc/javadoc/index.html?overview-summary.html

setProperty で指定するプロパティのキーと値はPresentationPropertyContainsを使って指定するということをJavaDocで確認し、フォントのキーの詳細を確認したところ、「設定はできない」と書かれていたのですが、変更を加えることができるのは astah* のウィンドウでの操作のみということでしょうか。
また、そうでない場合どのクラスで変更を加えることができるのでしょうか。

ご推察の通り、現時点ではAPIからフォントの設定を行うことはできません。
ご期待に添えず申し訳ございません。
本件につきましては要望リストに追加し、今後対応を検討してまいります。

ご返信ありがとうございます。
『APIからフォントの設定を行うことはできない』とのことですが、メッセージの個々のフォントだけでなくプロジェクト全体でのフォントやサイズの指定ができないということでしょうか。

残念ながらできません。申し訳ございません。

以下のような方法で実現することはできませんでしょうか。
1.　ご所望のフォントを設定したプロジェクトファイルを用意しておく
2.　1のファイルに対して編集する
3.　ファイルを別名で保存する

返信が遅くなり申し訳ありません。
ご紹介していただいた方法で問題が解決できそうです。ありがとうございました

ご連絡ありがとうございます。
今後ともよろしくお願いいたします。