Jude Com 5.4を使用しています
インストール直後で使い始めたところなのですが、プロジェクトを開く、や、プロジェクトを別名保存、などのファイル選択をする（であろう）メニューを選択するとフリーズします。

原因が分かる方、いらっしゃいませんか？

sainte さん、JUDEのご利用、誠にありがとうございます。

Java1.4_xや6の環境でJUDEを起動した場合、ファイルを別名保存する際に時間がかかる、といったご報告をこれまでにいただいております。

下のFAQに記載された回避方法をお試し下さい。
◆FAQ10.「名前をつけて保存」を選択すると、保存に時間がかかります。

既にJava5をご利用の場合は、最新版JRE5.0_17をお試し下さい。
◆ご参照FAQ：任意のJavaVMを使用する方法
http://jude.change-vision.com/jude-web/support/faq.html#inst_2

上記方法を実施後も問題が解決しない場合は、以下の情報をお知らせください。
-----------------------
１．ご利用のOS
２．ご利用のJava環境
-----------------------

【ご参照】Java不具合情報（Sun Microsystems, Inc.）
http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=6578753
http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=6372808
http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do?bug_id=5050516

java version "1.6.0_11"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_11-b03)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 11.0-b16, mixed mode, sharing)

というJavaバージョンです。
Javaバージョンの複数のもの(JDKも含め)があったので、全てで試しましたが、不可でした。最大30分程待ちましたがやはりフリーズしたままです。

OSはWinXP SP2です。

インストール時にショートカットが作られますが、そのショートカットファイル（〜.bat）ではなく、インストールフォルダ内のjarファイルから直接起動した場合は、上記の問題は起きないことを確認しました。jarから起動したことによる、他の問題は目下のところありませんので、使用に差し障りはありません。

sainteさん、追加情報のご提供、ありがとうございます

以下の２つの可能性が考えられます。
1) JUDEインストールフォルダ内にjreが存在し、常にそのJavaが動作している
2) batファイルが編集され、特定のJavaが動作するよう記述されている

次の手順をお試しください。
１．JUDEインストールフォルダ内に[jre]フォルダが存在するかどうかご確認ください
２．存在する場合は、[jre]フォルダの名称を、別のフォルダ名に変更します
３．起動バッチファイルを編集して、JRE5.0_17を使用したJUDEの起動をお試しください

- JRE5.0_17のダウンロード
- 任意のJavaVMを使用する方法

JUDEインストールフォルダ内に[jre]フォルダが存在しない、またbatファイルを編集していない場合は、お知らせください。

原因はjobaさんのおっしゃる１でした
対策を手順２まで進めた段階で正常に動作しました
他問題は特にありません

ありがとうございました
本問題は解決しました

sainteさん、こんにちは。

動作確認のご報告、ありがとうございます。
無事解決したとのことで何よりです。

また何かございましたら、どうぞ本フォーラムをご活用ください。