こんにちは。補足させていただきます。
関係を保ったまま参照プロジェクトとして分割するときのポイントは、「自パッケージが依存しているパッケージは、削除せず残すこと」です。「自パッケージを利用している（依存元となる）パッケージは、削除してよい」です。

例：次のようなプロジェクトを分割して参照プロジェクトを利用する場合：
Prj.jude
PackageA
PackageB
PackageC

パッケージの依存関係が A → C、B → Cとすると
■C.judeの作成
(1) Prj.judeをコピーして、C.judeを作成
(2) C.jude内で、PackageAとPackageBを削除

■A.judeの作成
(1) Prj.judeをコピーして、A.judeを作成
(2) PackageBを削除
(3) C.judeを参照プロジェクトとして追加

■B.judeの作成
(1) Prj.judeをコピーして、B.judeを作成
(2) PackageAを削除
(3) C.judeを参照プロジェクトとして追加

ちょっと手間だとは思いますが、このような手順で Cへの関係を保つことも可能です。