kappaさん、こんにちわ。

.bakファイルを作成するかしないかは、次の設定で変更することができます。

[ツール]−[システムプロパティ]−[ファイル]−[プロジェクト保存時にバックアップファイルを作成する]

デフォルトではチェックがオンになっていますので、.bakファイルが不要なときはオフにしてご利用ください