宮崎さん詳しい説明ありがとうございます。
結論からいうと仕様です。
確かにわかりにくい部分なので、何らかの改善をしたいと思っているのですが、今のところいいアイデアが浮かんでいないのです。

説明させていただきます。
JUDEでは、「図からの削除（Delete）」と「モデルからの削除（Ctrl+D）」の２種類の削除があります。
今回のようにモデルも削除したいケースでは、Deleteではなくて、Ctrl+Dを使っていただけると、モデルも削除されます。

２種類ある理由は、一つのモデルを複数の図でポイントを変えて表現できるようにしているためです。

もしわかりやすい改善案があれば、いただけると大変うれしいです。