JRE 6.0の環境で起動したJUDE/Professionalで、マージ機能を実行すると、
[作業中のプロジェクトファイルを優先する]を選択しても、”取込先のプロジェクトファイル”が優先されてマージする現象を確認いたしました。
この問題は、将来リリースにて対応いたします。

マージ機能をご利用になる場合は、1.6.xのJava環境以外（1.4.x、1.5.x)をご利用下さい。

■JUDE/Professional のシステム要件・・・こちらをご参照ください。
■任意のJava VMを指定してJUDEを起動する方法・・・FAQをご参照ください。

※現在、JRE 6.0でのJUDE/Professionalの動作保障は、公式的にはサポートしておりませんが、JRE 6.0環境においての基本的な動作は可能であることを確認しています。

JRE 6.0でJUDEを起動されている方、不具合と思われる点を発見されましたら、どうぞサポートまでご連絡くださいますようお願いいたします。
可能な限り、サポート、また修正の対応をいたします