iwanagaさん、ご質問ありがとうございます。

引用：
JUDE/Professionalをご利用でしたら、JUDE/Serverを利用したコラボレーション機能をお試し下さい。JUDE/Serverは、複数の人がJUDEで作成したモデルを一元管理するシステムです。パッケージ毎のチェックイン/チェックアウトが可能です。

JUDE/Serverについては、こちらをご覧ください。
コラボレーション機能については、こちらをご覧下さい。

引用：
ご希望に沿えず申し訳ありませんが、現在[プロジェクトのマージ]機能は、プロジェクト単位のみのマージに対応しており、パッケージ単位でのマージはサポートしておりません。