ご報告ありました、以下のバグですが、次回リリースの
Professional5.0で解消いたします。

JRE 6.0の環境で起動したJUDE/Professionalで、マージ機能を実行すると、
[作業中のプロジェクトファイルを優先する]を選択しても、”取込先のプロジェクトファイル”が優先されてマージする現象。

引き続きですが、JRE 6.0の環境特有の不具合を発見されましたら、どうぞサポートまでご連絡くださいますようお願いいたします。