以下の三つの状態があるようですね。
　依存<->非依存
　NOT NULL
　親は必須

で、いろいろ操作していると、
命題：「NOT NULL」がtrueなら「親は必須」もtrue。
は真のようで、さらに、この命題の逆も真のようです。
対偶、逆、裏ともすべて真。
つまり、FKの「NOT NULL」と「親は必須」は同じ状態を表すものではないでしょうか。

h_inoueさんの質問は、主キーのチェックをはずすと、「依存」から「非依存」に変わってしまうことがモデル規則として正しいのかということですが、
それとは別にエディタの処理で、「依存」から「非依存」に切り替える際に
　FKの「NOT NULL」がtrueで、「親は必須」がfalseという命題に反した状態にしてしまっていることが問題でしょう。