BetterTouchToolも、特定のアプリケーション実行中だけOFFできる設定がありました。astah*利用中だけBetterTouchToolをOFFにするよう設定することで、特に不都合はなくなりました。

astah*を使用している状態で、BetterTouchToolのアイコンをクリックし、Disable BTT For Current App(下から３つ目)を選択することで設定できました。
(設定のキャプチャー画面を添付しようとしましたが、ユーザーではできない？ですね)

お騒がせしました。