こんにちは。
JUDE/Serverもご利用いただいているんですね。ありがとうございます！

ご投稿いただいた質問ですが、
おっしゃられているROCKの操作が最適の操作だと思います。

今回のケースは、修正箇所が同じで
修正がコンフリクトした状態ではないでしょうか？
でしたらマージを使用すると、サーバー側とクライアント側の修正はどちらか一方しか取り込まれません。

もし他にお気づきの点などございましたら、不具合報告先までお気軽にお問合せくださいね