Pro 6.3.3
JDK 1.6.0_33 64bit
Doxygen 1.8.1.2
Windows 7 64bit

> run c:\Dev\....\doc\xml c:\Dev\....\doc\xml\converted.asta
Importing... please wait..
java.lang.NullPointerException
at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source)
at org.apache.commons.digester.Digester.parse(Digester.java:1530)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.parserCompounddefXML(DoxygenXmlParser.java:370)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.parserIndexXml(DoxygenXmlParser.java:217)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.process(DoxygenXmlParser.java:119)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.main(DoxygenXmlParser.java:44)
バッチ ジョブを終了しますか (Y/N)? y

という状況です。
DoxygenのXML出力は良さそうに見えてはおりますが、久々すぎて自信がありません。
XMLを読めていない状況かと思いますが、どうでしょうか。