発生原因から考えて、doxygenやastahの再インストールの必要はないと思われます。

よろしければ、調査のために、astah-sales＠change-vision.com宛に
doxygenで出力したファイルを送付していただけませんか。
その際には、ユーザホーム\.astha\professional\astah_pro.logもあわせて
添付してください。

以上です。