ダイアグラムを含むJudeファイルをコピーして、コピー先のあるダイアグラムの名前を変更して利用しているような場合、マージで問題になると思います。

これは、ダイアグラムには、ユニークなIDが振られており、ファイルのコピーで、同じIDのダイアグラムが2個生じ、これらをマージするために、同じダイアグラムに対する変更と見なされるためであると、以前質問した際、ご回答いただきました。

上記を踏まえて、質問があります。

ファイルのコピーを行わず、それぞれまったく別々にダイアグラムを作成した場合、これらのIDがたまたま一致してしまうことはないのでしょうか？

なにか、UUIDのようなアプローチで現実的に衝突しないといったことになっているのでしょうか？

マージを行う際、上記が気になり、（ちょっとだけ）不安に思っています。

JUDEの各モデル要素がもつ内部のIDは、衝突することがないことを前提としています。そのため、IDの生成も注意して衝突しないようにしています。
細かくは、IPアドレスやユーザ名、JUDEを起動した時間(ms)、起動後はじめてIDを発行した時間(ms)、乱数などを元に組み合わせてエンコードしています。