引用：

こちらの理解不足があるようですので、すいませんが、もう少しお教えいただければと思います。

外部参照を設定する場合に、通常その先が一意であるべきである、と認識しておりますが、この認識は同じでしょうか？

たとえばOracleでは一意と設定されていない属性に対して、外部参照を作成しようとするとエラーになりますよね。
その認識の下、現在のように一意と設定した属性（または属性のグループ）に対してリレーションをはれるようにしています。
一意である場合、主なDBで考えると、一意なインデックスか、一意制約をもつものになるかと思います。
JUDEではそれらをひっくるめてインデックスと呼んでしまっている点、わかりにくいとは思っていますが、ここが問題ということでしょうか？

それとも、次のような使い勝手やGUIを中心としたご指摘でしょうか？
主キー以外を選択したら、ツール側で勝手に一意と認識して扱うようにする。

または、DBでは外部参照が張られていないが、JUDEでの表記上はエンティティのリレーションとして表現したいということでしょうか？たとえば、DDLに影響を与えない、図上だけの線を引けるイメージでしょうか？