avenue68様

非出力対象のモデルについて、特に名前空間の制約がないようでしたら、
一つのプロジェクトに、
スケルトンコード出力対象のモデルについては、プロジェクト直下からJavaパッケージ名を意識した名前空間に作成し、
非出力対象のモデルについては、任意にパッケージを分けて作成する方法はいかがでしょうか。
なお、非出力対象のパッケージにクラスが含まれる場合は、出力時の設定画面で、当該モデルが除外されるように選択してください。