Kota＠再び、自宅からです。

申し訳ありませんが、
「スケルトンの生成」の機能では、[if文]を生成することはできません。

JUDEのスケルトン生成は、クラス等の属性・操作は吐き出しますが、
『シーケンス図からスケルトンを生成することはできない』です。
つまり、シーケンス図でif文を加えても、メソッド内にif文が追加されることはありません。

きっと、akikoさんはシーケンス図のすべてのライフラインで
ベースクラスを選択し、メッセージもそのベースクラスが持つ操作を選択していたから、
if文等が出力されると思われたのだと思います。

この件も、ご期待にそえませんで申し訳ないです。