は実装されないでしょうか？

今いじってるファイルのモデルバージョンを「あげて」しまって大丈夫かどうか不明(不安)な場合もあるので、今いじってるファイルと今使ってるJUDE自体とのファイルバージョンが一致してるか、それとも古い形式のファイルか、を把握する手段が欲しいです。

あるいは、古い形式のファイルならば、ロード直後に警告するとか、セーブ寸前に警告するとか。

そうですね。以前もコメントいただいていましたが、未対応でした。検討し対応したいと思います。