詳しい説明ありがとうございます。APIをご利用いただける点も、うれしく思います。
ご指摘のように、分岐などのコントロールノードについて、名前がユニークになるような管理は行っておりません。特にその必要性を感じていなかったためです。

引用：

ご要望として検討させていただきます。
今のところですが、同様の要望は少ないように思っています。そのため、すいませんが、対応は先になりそうです。

”検証ツールの制約上”ということですので、要素の種類によって名前のチェックをスキップいただくこと、などは困難ということですね？ 識別子としてご利用であれば、IDもAPIから取得できますので、ご検討ください。