kangolです。

5.4を試してみました。
やはり少しおかしな感じです。

制約とリレーションとインデックスが混ざっている印象です。

１．ユニーク制約

ユニーク制約は表に対する制約であるため、通常は表に対する
ALTER文で付与します（表作成時のCREATE TABLEでも構いません）。

『ALTER TABLE nnn ADD CONSTRAINT mmm UNIQUE (ooo)』

２．インデックス

インデックスは表とは独立したオブジェクトのため、CREATE
INDEXで作成します。

『CREATE INDEX ppp ON nnn(ooo)』

現在のJUDEではここが混ざっていてUNIQUE制約だけ付ける
ことが出来ず、生成されるDDLも以下のようになっています。

『CREATE UNIQUE INDEX ppp ON nnn(ooo)』

このDDLは表へのユニーク制約とインデックスを１コマンド
で実行しますが、後日片方だけ解除する方法もありません。

３．リレーション

外部キーの設定においてインデックスやユニーク制約は
必須ではありません。

『ALTER TABLE nnn ADD CONSTRAINT qqq FOREIGN KEY (rrr)
REFERENCES sss(ttt)』

このnnnテーブルのrrrが参照しているsssテーブルのtttが
プライマリキー以外を指定可能として欲しいのです。

実現方法として表と表をリレーションしてもプライマリキー
固定とするのではなくカラム選択の自由があればいいと思い
ます。

始めに要望した3番目のリレーションの件から途中でインデ
ックスやユニーク制約の話に広がったことで混乱させたの
かもしれないですが、個別の対応をお願いします。

p.s INDEX作成時に表示を物理モードにしていても属性候補の
カラムが論理名で表示されます。不具合かと思います。