こんにちは。
たくさんのご要望、ありがとうございます。
以下、文中に返答させていただきますね。

> 1. シーケンス番号を非表示にしたい
シーケンス番号は、シーケンス図のプロパティビューで
「メッセージインデックスの表示」のチェックを外していただけば
非表示にできます。

> 2. 活性区間を自由に伸び縮みさせたい
申し訳ありませんが、現在こちらの対応は予定しておりません。
非同期メッセージですと多少伸び縮みの融通が効くようになりますので、
よろしければご利用下さい。

> 3. メモを活性区間に関連づけたい
この件は要望として追加させていただきますね

> 4. メモをメモに関連づけたい
「ノート」同士の関連の線でしたら、
「ノートから図要素へのアンカー」で関連付けの線を引く事は可能です。

最後の活性区間のずれは、一度調査させていただきたいと思いますので
よろしければメールで詳細をお伝え下さい。
宛先は不具合報告先にお願いします。