プラグインのDBリバースを利用して以下のERを取り込んでみました。
[siteimg]uploads/photos0/1391.jpg[/siteimg]

すると、以下のモデルになります。
[siteimg]uploads/photos0/1392.jpg[/siteimg]

データベース定義では、以下の外部キー制約しか定義していません。
※ERとしての可否は別に、最初の図の通りです。

・staff_insurance_level.annuity_levelは、annuity.levelを参照する
・staff_insurance_level.health_levelは、health_insurance.levelを参照する

自動的にAKやIEが付いたり、リレーションが張られることについて、どのように捉えれば良いのでしょうか

mashiro様

astah*のご利用、誠にありがとうございます。

画像から察するにMySQLをお使いだと思いますが、各TableのIndexはどのColumnに紐付いていますか？
また、各IndexのTypeは、どうなっていますか？(INDEX,UNIQUE,FULLTEXT,PRIMARY)