Ohgochiさん、ご確認ありがとうございました。

お知らせいただいた内容を踏まえて調査を進めたところ、index.xmlから参照されている
ファイルで存在しないものがあり、エラーとなっているようです。

原因を特定できていませんが、DoxygenXmlParser.java の385行目付近に
findFileというメソッドがあるかと思います。そのメソッドが null を返す場合、
探しているファイルが実際に存在するかどうかを調べてくださいますか。

お手数ですがよろしくお願いします。