起動時に、-Dawt.useSystemAAFontSettings=on を指定することで、
構造ツリー等はアンチエイリアスの状態になるのですが、
クラス図等は、そうなりません。
クラス図等もアンチエイリアスにする方法は無いのでしょうか？

すいませんが、現状方法はありません。
これは、当初、テキストにアンチエイリアスをかけるとぼやけてしまってみにくいと感じたため、テキストのアンチエイリアスをOFFにしているためです。斜めの線などにはアンチエイリアスをかけています。

環境などによって、感じ方は変わってくるかもしれませんので、今後、アンチエイリアスをオプションで設定できるような対応を検討したいと思います。

素早い回答、ありがとうございました。
今の所は、アンチエイリアスがかからないとのこと。了解致しました。
今後の対応に期待して、待たせて頂くことにします。