Pro 6.3.3
JDK 1.6.0_33 64bit
Doxygen 1.8.1.2
Windows 7 64bit

> run c:\Dev\....\doc\xml c:\Dev\....\doc\xml\converted.asta
Importing... please wait..
java.lang.NullPointerException
at java.io.FileInputStream.<init>(Unknown Source)
at org.apache.commons.digester.Digester.parse(Digester.java:1530)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.parserCompounddefXML(DoxygenXmlParser.java:370)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.parserIndexXml(DoxygenXmlParser.java:217)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.process(DoxygenXmlParser.java:119)
at doxygen_cplus.DoxygenXmlParser.main(DoxygenXmlParser.java:44)
バッチ ジョブを終了しますか (Y/N)? y

という状況です。
DoxygenのXML出力は良さそうに見えてはおりますが、久々すぎて自信がありません。
XMLを読めていない状況かと思いますが、どうでしょうか。

Ohgochiさん、こんにちは。
astahのご利用、ありがとうございます。

貼り付けていただいた情報から、指定したディレクトリが存在しないように見受けられます。
一度、実行時に指定するXMLファイルのパス名を確認してくださいますか。

よろしくお願いします。

当該事象は、index.xmlが生成されているディレクトリを指定した場合のものです。
試しに存在しないディレクトリを指定して実行してみると、

-Xms16m -Xmx256m -classpath .;C:\Java\astah-professional\astah-pro.jar;C:\Java\astah-professional\astah-api.jar;C:\Java\astah-professional\lib\commons-digester.jar;C:\Java\astah-professional\lib\commons-collections.jar
can't find index.xml.
続行するには何かキーを押してください . . .

となります。

Ohgochiさん、ご確認ありがとうございました。

お知らせいただいた内容を踏まえて調査を進めたところ、index.xmlから参照されている
ファイルで存在しないものがあり、エラーとなっているようです。

原因を特定できていませんが、DoxygenXmlParser.java の385行目付近に
findFileというメソッドがあるかと思います。そのメソッドが null を返す場合、
探しているファイルが実際に存在するかどうかを調べてくださいますか。

お手数ですがよろしくお願いします。

ご指摘のように、Doxygen生成XMLツリーが完全ではないようです。
EXTRACT_ALLが効いていないのか、Undocumentedなエントリーに関してはindex.xmlへのエントリー生成とディレクトリ作成のみで、該当XMLを生成していないようです。
ありがとうございました。