mahanaさん、こんにちは。

.judeファイルをパッケージ単位に分割して、参照プロジェクトにする方法ですが、現在のところ分割するための簡単な機能はサポートしていません。

パッケージ単位に分割するには、まず、パッケージ間の参照関係を把握していただいてから、下位レイヤーのパッケージから別プロジェクトとして切り出していただく手順がよいと思います。
（その場合、元のプロジェクトファイルを複製して、自パッケージが必要とするパッケージ以外を削除します）

ご要望に添えず大変申し訳ないのですが、分割したファイル間で依存関係を保持する機能がありませんので、パッケージ間の依存関係を保持したい場合は、依存関係が切れないようにパッケージを分割してご利用ください。

今後、あるパッケージを参照プロジェクト化する機能、といった参照プロジェクト管理を補助する機能を検討していきたいと思います。