1つのプロジェクトが大規模になってしまった後に、
複数人数での開発をするために、
.judeファイルをパッケージ単位に分割して、
参照プロジェクトにするための簡単な方法はありますか？

既にパッケージ間での関連があることを想定していますので
参照プロジェクトにしたときにも関連が切れないことが望ましいです。