redboltzさん、貴重な情報ありがとうございます。
確かにそういう問題があるのですね。Subversionとあわせた利用を提案しておいて、この問題には気づいておりませんでした。失礼いたしました。

なんらかの改善ができればと思いますが、近いバージョンでの対応は今のところ難しそうです。

ここでも課題として挙げられていて、議論がありますね。
http://subversion.tigris.org/issues/show_bug.cgi?id=1256