JUDE/Professionalではユースケース毎に仕様書を記述可能ですよ。
詳しくはこちら。
http://jude.change-vision.com/jude-web/product/professional.html#usecase

さらにユースケース記述のテンプレートを指定できます。
顧客ごとにテンプレートを変更したり、項目を追加したりできます。
デフォルトのテンプレートは３種類あります。
・JUDEデフォルト形式
・アリスター・コバーンの完全形式
・ＲＵＰ形式

アリスター・コバーンの完全形式は平鍋さんもおすすめしています。
http://blogs.itmedia.co.jp/hiranabe/2005/10/not_but__45a6.html

JUDE/Professionalは評価版もありますのでぜひお試しください。