ご指摘のように、Doxygen生成XMLツリーが完全ではないようです。
EXTRACT_ALLが効いていないのか、Undocumentedなエントリーに関してはindex.xmlへのエントリー生成とディレクトリ作成のみで、該当XMLを生成していないようです。
ありがとうございました。