2011/07/11 リリースされた、astah* 6.4.1 にて、上記の挙動が修正されていることを確認しました。
常にパーティション区切り線の上(前面)に表示されるようですが、とても使いやすくなりました。

ご対応ありがとうございました。
これからもよろしくお願いします。