ご期待に添えないところですが、これはJUDEの仕様です。
Professional版においても同様です。

ソースコードとモデルの間をいったりきたりできると理想的ですが、そのようなラウンドトリップ機能よりも、他の機能改善を今のところ優先しています。

Javaソースコードの読み込みを行い、クラス図を作成した後、
再度Javaソースコードの読み込みを行うと、
継承関係などの線が消えてしまいます。

community版の仕様なのでしょうか？