ツール／図を画像ファイルに出力／図をまとめてjpeg方式で保存(U)…を選択し、「図をまとめて保存する」ダイアログで出力するフローチャートを選択し「了解」ボタンをクリックすると「選択」ダイアログがポップアップします。
この「選択」ダイアログの初期画面では、デフォルトで以下のように表示される。
参照：jbizファイルの保存フォルダー
ファイル名：jbizファイルの保存フォルダー

この状態で「選択」ボタンをクリックすると、「参照」に表示されているフォルダー（この場合は、jbizファイルの保存フォルダー）に、jbizファイルのファイル名と同じフォルダーが作成され、その配下に、フローチャート名と同じフォルダが作成され、その配下にフローチャート名と同じ出力ファイルが作成されます。

すでに同名のフォルダーがある場合、黙って上書きされますが、同フォルダー内の出力されるものとは異なる既存のフォルダーやファイルはそのまま残ります。

「選択」ダイアログの初期画面の“ファイル名”の表示内容が、実態と異なるので、非常に分かりづらい。

操作感のフィードバックありがとうございます。
おっしゃるように、わかりにくいと思いますので、なんらかの改善を検討いたします。

今後もJUDE/Bizをよろしくお願いいたします。