こんにちは。度々お世話になります。
astah* community 6.5 を便利に利用させていただいています。
また、astah* professional 6.5 を現在試用させていただいています。

複数のオブジェクトをコピー＆ペーストすると、
それらの順序が崩れることがあります。

たとえばシーケンス図で
・2つのライフラインを作成
・ライフライン間に1つのメッセージを設置
・ライフライン上の実行仕様に重なるように状態不変式（またはノート）を設置
これらを全体選択してコピーし、他の場所にペーストすると、
実行仕様の手前にあった状態不変式（またはノート）が実行仕様の奥に配置された形でペーストされます。

コピー＆ペースト時にはオブジェクト順序も保持されるようになっていると助かります。
これが仕様でしたらご容赦ください。