JUDEはJava5.0（1.5.x_x）の環境でも動作します。

一部で性能が改善したりする可能性もありますので、試してみてください。

また、JUDEには、Java5.0でしか動作しないちょっとした機能もあります。
・ダイアグラムエディタのタブをダブルクリックすることによる最大化
・ダイアグラムエディタのタブを右クリックすることによるコンテキストメニューの表示（閉じる、他を閉じるなどのメニューあり）

ただ、HTML出力や、英語・日本語以外を使ってEMF出力する場合は、Java5.0では調子が悪いことがあるので、そこが重要な方はJava1.4を使うことを推奨します。