JUDEを起動して、新規プロジェクトを作成したときには、
Javaパッケージとクラス図、ユースケース図があります。
Javaパッケージを使わない場合やマインドマップだけを
使うのがふつうな場合、いちいち削除するのが面倒です。

というわけで、JUDEのインストールフォルダにある、
デフォルトモデル

例）C:\Program Files\JUDE-Professional\JudeDefaultModel.jude

をリネーム（aaaJudeDefaultModel.judeなど）しちゃいましょう。
そうすると、以下のようになります。

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↓
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自分のデフォルトモデルを作ることもできますよ。