他のJavaアプリケーションではJava1.5を使っているが、
JUDEでは推奨の1.4を使いたい、とか、ありますよね。

JUDEで使用するJavaVMのバージョンを設定しておくことができます。

インストールフォルダにある起動バッチファイル(jude.bat等)の次の2行の行頭の"rem"を削除し、JAVA_HOMEを使用したいJ2SDKのインストールフォルダに変更してください。

引用：